Иркутск, Иркутская область, Россия
Иркутск, Иркутская область, Россия
В геномах 46 штаммов генотипа 6 вируса гепатита С посредством комплекса биоинформационных программ RDP выявлены 6 штаммов-рекомбинантов, в которых зафиксированы 7 сайтов рекомбинации. Для них определены родительские штаммы, от которых они могли быть получены. Большая часть сайтов рекомбинации приходится на область структурных генов C, E1 и E2 и неструктурных генов NS5a и NS5b. В одном штамме выявлен уникальный сайт рекомбинации в высоко консервативном гене NS3. По результатам исследования определены «горячие точки» рекомбинации в штаммах генотипа 6 вируса гепатита С.
вирус гепатита С, генотип 6, программные методы RDP, сайты рекомбинации
1. КалининаО.В. Вирус гепатита С: механизмы изменчивости, классификация, эволюция //Вопросывирусологии. – 2015. – No5. – С.5–10.
2. ЧистяковаМ.В., ГоворинА.В., РадаеваЕ.В., Гон-чароваЕ.В., МорозоваЕ.И. Кардиогемодинамические нарушения у больных с хроническими гепатитами //Сибирский медицинский журнал (Иркутск). – 2012.– No1. – С.51–54.
3. BecherP, TautzN (2011). RNA recombination in pestiviruses – cellular RNA sequences in viral genomes highlight the role of host factors for viral persistence and lethal disease. RNA Biology, 8(2), 216-224.
4. BertrandY, TopelM, ElvаngA, MelikW, JohanssonM(2012). First dating of a recombination event in mamma-lian tick-borne flaviviruses. PLoS One, 7(2), e31981.
5. BoniMF, PosadaD, FeldmanMW (2007). An exact nonparametric method for inferring mosaic structure in sequence triplets. Genetics, 176(2), 1035-1047.
6. BruenTC, PhilippeH, BryantD (2006). A simple and robust statistical test for detecting the presence of recombination. Genetics, 172(4), 2665-2681.
7. ChooQL, KuoG, WeinerAJ, OverbyLR,Brad-leyDW,HoughtonM (1989). Isolation of a cDNA clone derived from a blood-borne non-A, non-B viral hepatitis genome. Science, 244(4902), 359-362.
8. European Association for Study of Liver (2014). EASL Clinical Practice Guidelines: Management of hepa-titis C virus infection. J. Hepatol., 60(2), 392-420.
9. GibbsMJ, ArmstrongJS, GibbsAJ (2000). Sis-ter-scanning: a Monte Carlo procedure for assessing signals in recombinant sequences. Bioinformatics, 16(7), 573-582.
10. HusonDH, BryantD (2006). Application of phylo-genetic networks in evolutionary studies. Mol. Biol. Evol.,23(2), 254-267
11. SmithMJ (1992). Analyzing the mosaic structure of genes. J. Mol. Evol., 34(2), 126-129.
12. SmithDB, BukhJ, KuikenC, MuerhoffAS, RiceCM, StapletonJT, SimmondsP (2014). Ex-panded classification of hepatitis C virus into 7 genotypes and 67 subtypes: updated criteria and genotype assignment web resource. Hepatology, 59(1), 318-327.
13. ThompsonJD, HigginsDG, GibsonTJ (1994). CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucl. Acids Res., (22), 4673-4680.
14. World Health Organization (2014). Fact sheet No164
