сотрудник с 01.08.2011 по настоящее время
Воронеж, Россия
Целью работы являлось апробирование и подбор родо-специфических пар праймеров для достоверной идентификации азотфиксирующих микроорганизмов – грамотрицательных бактерий рода Azospirillum. В ходе работы была модифицирована методика экстракции суммарной ДНК изолятов бактерий из их биомассы – чистой культуры. Проводились экспериментальные исследования по подбору родо-специфического молекулярного маркера для надежной идентификации. Были оптимизированы и условия проведения полимеразно-цепной реакции (ПЦР). Амплификация суммарной ДНК бактерий с праймером Az16S-A F / Az16S-A R выявила у всех изучаемых номеров наличие ампликона размером в 640 п. н., что подтверждает принадлежность всех трех исследуемых образцов к роду Azospirillum. В результате проведенных экспериментов апробирован и отобран родо-специфический праймер Az16S-A F / Az16S-A R, позволивший выделить штаммы рода Azospirillum в чистой культуре (3 штамма). Полученные экспериментальные данные по молекулярному маркеру позволяют образцам штаммов, принадлежность которых к данному роду подтверждена ПЦР анализом, служить как положительным, так и отрицательным контролем при дальнейшей работе с бактериями. Ключевые слова: ДНК, полимеразно-цепная реакция, праймер, бактерии, Azospirillum
ДНК, полимеразно-цепная реакция, праймер, бактерии, Azospirillum
1. Bashan Y., HolguinG., De-Bashan L.Azospirillum-plant relationships: physiological, molecular, agricultural and environmental advances Can J Microbiol, 2004, Vol. 50,pp. 521-577.
2. Braun-Kiewnick A. [et al.]Development of species-, strain- and antibiotic biosynthesis-specific quantitative PCR assays for Pantoea agglomerans as tools for biocontrol monitoring. Journal of Microbiological Methods, 2012, Vol. 90, pp. 315-320.
3. Fukami J., CereziniP., Hungria M. Azospirillum: benefits that go far beyond biological nitrogen fixation. AMB Express, 2018, Vol. 8, pp. 73-85.
4. HusseinA., NalbandyanA. , FedulovaT., BogachevaN.Efficient and nontoxic DNA isolation method for PCR analysis.Russian Agricultural Sciences, May 2014, Vol. 40,Issue 3,pp. 177-178.
5. Mahuku G. S. A simple extraction method suitable for PCR-based analysis of plant, fungal, and bacterial DNA Plant Mol. Biol. Rep, 2004, Vol. 22, pp. 71-81.
6. Rogers S., Bendich A.Extraction of DNA from milligram amounts of fresh, herbarium and mummified plant tissues. Plant Molecular Biologi, 1985, Vol. 5, pp. 67-69.
7. Scarpellini M.,FranzettiL., Galli A. Development of PCR assay to identify Pseudomonas fluorescens and its biotype. FEMS Microbiology Letters, 2004, Vol. 236, pp. 257-260.
8. Shime-HattoriA., KobayashiS., IkedaS., Asano R. A rapid and simple PCR method for identifying isolates of the genus Azospirillum within populations of rhizosphere bacteria. Journal of Applied Microbiology, 2011, Vol. 111,pp. 915-924.
9. SpilkerT., CoenyeT., VandammeP., Puma J. Li PCR-Based Assay for Differentiation of Pseudomonas aeru-ginosa from Other Pseudomonas Species Recovered from Cystic Fibrosis Patients. Journal of Clinical Microbiolgy, 2004, Vol. 42,no 5, pp. 2074-2079.
10. Suaad S. Microbiological and molecular identification of bacterial species isolated from nasal and oropha-ryngeal mucosa of fuel workers in Riyadh, Saudi Arabia. Saudi J of Biological Sciences, 2017, Vol. 24,no 6, pp. 1281-1287.
