Россия
Россия
УДК 599.735.3 Cervidae. Оленевые. Олени
Исследовали полиморфизм микросателлитов у 85 быков– доноров семени следующих пород и типов: холмогорской (38 гол.), голштинской (10), печорского типа холмогорской породы (17), и кроссированных печороского типа с классической холмогорской породой (20 гол.). Генотипировали особей по 15 локусам микросателлитов. Наибольшее число специфических аллелей выявили в группе быков холмогорской породы. Максимальную генетическую дистанцию установили между печоро-холмогорскими быками и быками голштинской породы (DN 0,237, FST 0,045). Подразделение всего массива на два кластера в программе Strukture подтвердило высокую генетическую дифференциацию кроссированных и чистолинейных быков печорского типа холмогорской породы с голштинской. Генетическое различие голштинской породы с классической холмогорской было ниже. Средняя вероятность членства в первом кластере быков голштинской породы составила 0,107±0,039, во втором – 0,893±0,039, быков печорского типа холмогорской породы соответственно 0,828±0,052 и 0,172±0,052, печоро-холмогорских быков – 0,860±0,019 и 0,140±0,019, быков классической холмогорской породы соответственно 0,633±0,046 и 0,367±0,046. Сведения о числе эффективных аллелей на локус, гетерозиготности и индексах фиксации в группах животных разной генеалогии и породности не дали значимой информации об их внутрипопуляционной генетической структуре и дифференциации, которую можно было бы использовать в практической работе по поддержанию генетического разнообразия и воспроизводству сохраненного генофонда породы. Кластерный анализ при k=3 и k=4 позволил выявить и детализировать структуру и степень генетического различия между группами и, таким образом, получить дополнительную информацию для планирования и реализации генофондосохранных мероприятий.
холмогорская порода, печорский тип, кластер, вероятность, генетическая дифференциация, микросателлиты
1. Мещеров, Р. К. Породная инвентаризация племенных ресурсов холмогорской породы крупного рогатого скота в Российской Федерации / Р. К. Мещеров, В. П. Ходыков, Ш. Р. Мещеров [и др.] // АгроЗооТехника. – 2022. – Т. 5, № 1. – DOIhttps://doi.org/10.15838/alt.2022.5.1.6.
2. Матюков, В. С. Генетическая история и ценность генофонда исчезающей холмогорской породы / В. С. Матюков, Я. А. Жариков, Н. А. Зиновьева // Молочное и мясное скотоводство. – 2018. – № 2. – С. 2–8.
3. Столповский, Ю. А. Проблема сохранения генофондов доместицированных животных / Ю. А. Столповский, И. А. Захаров-Гезехус // Вавиловский журнал генетики и селекции. – 2017. – Т. 21, № 4. – С. 477–486. – DOI:https://doi.org/10.18699/VJ17.266.
4. Demir, E. Genetic diversity and population structure of four cattle breeds raised in Turkey using microsatellite markers / E. Demir, M. S. Balcioğlu // Czech Journal of Animal Science. – 2019. – Vol. 64. – № 10. – P. 411–419. – DOI:https://doi.org/10.17221/62/2019-CJAS.
5. Saravanan, K. A. Genome-wide assessment of genetic diversity, linkage disequilibrium and haplotype block structure in Tharparkar cattle breed of India / K. A. Saravanan, M. Panigrahi, H. Kumar [et al.] // Animal Biotechnology. – 2020. – Vol. 33. – № 1. – P. 1–15. – DOIhttps://doi.org/10.1080/10495398.2020.1796696.
6. Галинская, Т. В. Предубеждения о микросателлитных исследованиях и как им противостоять / Т. В. Галинская, Д. М. Щепетов, С. Н. Лысенков // Генетика. – 2019. – Т. 55, № 6. – С. 617–632. – DOIhttps://doi.org/10.1134/S0016675819060043.
7. Матюков, В. С. Анализ аллелофонда полутонкорунных овец печорской популяции с помощью STR-маркеров / В. С. Матюков, Я. А. Жариков, Л. А. Канева // Генетика. – 2023. – Т. 59, № 7. – С. 843–849. – DOIhttps://doi.org/10.31857/S0016675823060103.
8. Peakall, R. GenAlEx 6.5 : genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research. An update / R. Peakall, P. E. Smouse // Bioinformatics. – 2012. – Vol. 28. – № 19. – P. 2537–2539.
9. Pritchard, J. K. Documentation for structure software: Version 2.3 / J. K. Pritchard, X. Wen, D. Falush. – Chicago : University of Chicago, February 2, 2010. – 39 р. – URL: https://web.stanford.edu/group/pritchardlab/structure_software/release_versions/v2.3.4/structure_doc.pdf.
10. Hall, S. J. G. Genetic differentiation among livestock breeds-values for Fst // Animals. – 2022. – Vol. 12. – № 9. – Article number 1115. – DOI:https://doi.org/10.3390/ani12091115.
11. Волкова, В. В. Характеристика аллелофонда холмогорской породы крупного рогатого скота с использованием STR-маркеров / В. В. Волкова, О. С. Романенкова, Т. Е. Денискова [и др.] // Молочное и мясное скотоводство. – 2019. – № 7. – С. 3–7.
12. Kalinowski, S. T. Evolutionary and statistical properties of three genetic distances / S. T. Kalinowski // Molecular Ecology. – 2002. – Vol. 11. – № 8. – P. 1263-1273. - DOI: https://doi.org/10.1046/j.1365-294X.2002.01520.x.
